Theo một số nhà bình luận phương Tây, sự tôn trọng tự do tôn giáo của các nhà cầm quyền thế tục đã giảm ở Nga kể từ cuối những năm 1990 và đầu những năm 2000. Năm 2006, một số linh mục Mari Pagan, Vitaly Tanakov, đã bị kết án thành công về chủ nghĩa cực đoan và bị kết án 120 giờ lao động bắt buộc vì đã xuất bản một dòng tôn giáo chính trị, A Priest speaks (Onajeng Ojla), vào năm 2009 đã được thêm vào danh sách liên bang các tài liệu được coi là "cực đoan". Năm 2011, một nỗ lực không thành công để cấm Bhagavad-Gītā vì nó bị buộc tội tương tự. Vào tháng 8 năm 2016, cơ sở của một tu viện Vệ đà được thành lập năm 2001 tại Nizhny Novgorod đã bị chính quyền địa phương phá hủy sau khi bị tuyên bố là bất hợp pháp vào năm 2015. Người ta đã nhận thấy rằng các phạm trù "cực đoan" và "giáo phái toàn trị" đã liên tục được sử dụng để cố gắng trừng phạt các nhóm tôn giáo mà Giáo hội Chính thống Nga là "không truyền thống", bao gồm các giáo hội Tin lành mới nhất và nhân chứng Giê-hô-va. Có lệnh cấm các hoạt động Nhân Chứng Giê-hô-va ở Nga.

Năm 2017, một báo cáo từ Ủy ban Tự do Tôn giáo Quốc tế Hoa Kỳ tuyên bố: "Chính phủ Nga coi hoạt động tôn giáo độc lập là mối đe dọa lớn đối với sự ổn định chính trị và xã hội, một cách tiếp cận được kế thừa từ thời Liên Xô". Vì vậy, lần đầu tiên, USCIRF đã xếp Nga là một trong những nước vi phạm tự do tôn giáo tồi tệ nhất thế giới, một "quốc gia đặc biệt quan tâm" theo Đạo luật Tự do Tôn giáo Quốc tế. Báo cáo cũng khẳng định rằng Nga "là quốc gia duy nhất không chỉ tăng cường liên tục đàn áp tự do tôn giáo..., mà còn mở rộng các chính sách đàn áp của mình.... Những chính sách đó, từ quấy rối hành chính đến giam cầm tùy tiện đến phi pháp giết chóc, được thực hiện theo cách có hệ thống, liên tục và nghiêm trọng".